Мне кажется это просто глюк Яндекса, у меня тоже в последнее время бывают вылеты из индекса значительной части страниц, (сначала на одном сайте, сейчас на втором) без изменения позиций по поиску. Через пару апов всё восстановилось. В первом случае я воспользовался моментом и поставил ЧПУ, во втором случае хочу ничего не делать, если восстановится - значит Яндекс глючит.