Много зависит от того, сколько у Вас сайтов на одном VDS и какие движки используете. 1000 посетителей - не аргумент, один скрипт на Вашем сайте может конкретно подвешивать сервак. И еще совет, в настройках сервера отключайте все неиспользуемые модули php и максимально используйте кеширование для сайтов (оптимально, если есть возможность использовать Nginx или eAccelerator).