Автоматический прогон в первую очередь полезен тем, что экономит время вебмастеров
Как отмечалось выше, ускоряет индексацию сайта в ПС.
Незначительно, но всё-таки способствует наращиванию пузомерки.
Если говорить о прогоне в каталогах в целом, то грамотная (ручная) регистрация в "правильных" каталогах принесёт большую отдачу по тиц/pr. Также, может способствовать приросту трафика на сайт.